Při navrhování geodatabáze je důležité důkladně si promyslet její strukturu, určit si, co ještě zařadit do tříd, co rozlišovat pomocí atributu a které atributy jsou už zbytečné. Účelné je volit číselné datové typy (Short Integer) namísto textových z důvodu úspory místa a hlavně snadnějšího zadávání při tvorbě a editaci dat. Hlavním požadavkem na strukturu geodatabáze by mělo být uspořádání dat do logických celků vzhledem k jejich účelu – k účelu budoucí mapy. Například nemá cenu uvádět příliš mnoho atributů u třídy silnic ve fyzicko-geografické mapě.

Níže uvedené příklady jsou pouze ilustrační. Slouží pro představu, co by mohla (ale nemusí) geodatabáze obsahovat a jakou by měla mít strukturu.

• Karibik (Personal Geodatabase)
  • Sidla (Feature Class – FC, Point)
    • Atributová pole pro: počet obyvatel, hlavní x ostatní sídla, název sídla, rozdělení dle počtu obyvatel
  • Brehovka (FC, Line)
  • Hranice (FC, Line)
    • Atributová pole pro: typ hranice (státní - S, krajská - K, sporná - P…), druh hranice (zemská, mořská, říční…)
  • Silnice (FC, Line)
    • Atributová pole pro: třídu silnice, pro viditelnost (v tunelu, na povrchu)…
  • Vodni_toky (FC, Line)
    • Atributová pole pro: význam toku (veletok, řeka, říčka, potok), druh toku (stálý, občasný), název toku…
  • Zeleznice (FC, Line)
    • Atributová pole pro: typ železnice (elektrifikovaná - 1, neelektrifikovaná - 0), rozchod kolejí, význam tratě…
  • Staty/Adinistrativni_celky (FC, Polygon)
    • Atributová pole pro: název státu/administrativního celku, počet obyvatel, číslo barvy…
  • Vodni_plochy (FC, Polygon)
    • Atributová pole pro: název, druh plochy (slané, sladké…), typ plochy (nádrž, jezero, rybník, oceán, moře…)
  • Případně anotační vrstvy pro popisy, avšak ty se téměř vždy generují z výše uvedených vrstev a není nutné je ručně zakládat

• Evropa (Personal Geodatabase)
  • Lide (Feature Dataset – FD)
    • Administrativni_celky (FC, Polygon)
    • Hranice (FC, Polygon)
    • Komunikace (FC, Line)
      • Atributem rozlišeno zda se jedná o železnici či silnici
    • Letiste (FC, Point)
    • Mesta (FC, Point)
      • Atributová pole pro: počet obyvatel, hlavní x ostatní sídla, název sídla, rozdělení dle počtu obyvatel
    • Staty  (FC, Polygon)
  • Priroda (FD)
    • Brehovka (FC, Line)
    • Koty (FC, Point)
      • Atributová pole pro: výšku, název kóty, druh kóty (sopka, hora…)
    • Morske_proudy (FC, Line)
    • Oceany_More (FC, Polygon)
    • Vodni_plochy (FC, Polygon)
    • Vodni_toky (FC, Line)

• Svet_1ku10mil
  • Administrativa (FD)
    • Admin_celky (FC, Polygon)
    • Hranice (FC, Line)
    • Staty (FC, Polygon)
  • Komunikace (FD)
    • Silnice (FC, Line)
    • Zeleznice (FC, Line)
    • Letecke_trasy (FC, Line)
    • Letiste (FC, Point)
    • Namorni_trasy (FC, Line)
    • Pristavy (FC, Point)
  • Sidla (FC, Point)
  • Vodstvo (FD)
    • Brehovka (FC, Line)
    • More_Oceany (FC, Polygon)
    • Vodni_plochy (FC, Polygon)
    • Vodni_toky (FC, Line)
  • Anotace (FD)
    • Později vygenerované třídy
  • A podobně

Datasety v geodatabázi se mohou dále strukturovat například podle měřítka dat, podle roku vzniku dat, (Nebylo by lepší časový rozměr určit pomocí atributu?) podle použitého souřadnicového systému, podle názvů map rozsáhlejšího díla (atlasu) atd.